Em 1549 a Coroa Portuguesa nomeou para o Brasil um Governador Geral, tendo como sede deste governo a Bahia, capital da nova terra. Até então a Inquisição Portuguesa não havia sido introduzida no Brasil. Mas, devido ao grande número de marranos e cristãos novos, Portugal outorgava em 1580 poderes inquisitoriais ao bispo da Bahia. Os jesuítas foram autorizados a auxiliar os bispos no preparo de processar os heréticos e extraditar os acusados para os tribunais da Inquisição em Lisboa.